بدنبال اعتراضات شدیدی که اهالی استان های آذربایجان و دیگر نقاط کشور از جمله در تهران نسبت به سیاست های انفعالی جمهوری اسلامی، در مورد جنگ قره باغ صورت گرفت و منجر به دستگیری دهها نفرشد. اما در نهایت باعث شد تا جمهوری اسلامی نسبت به حقانیت جمهوری آذربایجان برمنطقه مورد مناقشه قره باغ، اعلام موضع کند.علی ربیعی، سخنگوی دولت ایران، گفته است موضع این کشور در درگیری جمهوری آذربایجان و ارمنستان بر سر منطقه قره‌باغ لزوم “تخلیه مناطق اشغالی” جمهوری آذربایجان است.
آقای ربیعی گفته “دخالت طرف های ثالث را زیان بار می‌دانیم و راه حل منطقه را نظامی نمی دانیم و از آسیب رسیدن به جان شهروندانمان در مناطق مرزی نگرانیم و پیگیری می کنیم”.
پیش از این علی اکبر ولایتی، مشاور امور بین‌الملل علی خامنه ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران، گفته بود که ارمنستان باید مناطق اشغال شده جمهوری آذربایجان در قره باغ را تخلیه کند و سرتیپ امیر حاتمی، وزیر دفاع، نیز به طرف های درگیری هشدار داده که از اصابت بیشتر خمپاره و گلوله‌های این درگیری به خاک ایران جلوگیری کنند.
اختلاف و درگیری بین جمهوری آذربایجان و ارمنستان نزدیک به ۳۰ سال است که ادامه دارد. جمهوری اسلامی تاکنون تلاش کرده بود که در این نبرد سیاست بی‌طرفی داشته باشد و بنوعی بین دو همسایه خود میانجیگری کند. با اظهارات کم‌سابقه اخیر دولت، نمایندگان آقای خامنه‌ای و اکنون مشاور وی درباره لزوم تخلیه قره‌باغ از سوی ارمنستان به نظر می‌رسد که موضع حاکمیت ایران به حمایت صریح از جمهوری آذربایجان تغییر کرده است.
آقای ولایتی درباره درگیری بین ارمنستان و جمهوری آذربایجان بر سر منطقه قره‌باغ به روزنامه کیهان، چاپ تهران، گفته بود: “در این مورد خاک کشوری به دست کشور دیگری اشغال شده است. بخش‌هایی در جنوب جمهوری آذربایجان، حدود ۷ شهر، توسط ارمنستان اشغال شده است. در این مورد چهار قطعنامه در سازمان ملل تصویب شده است که همه این‌ها ملزم می‌کند ارامنه‌ای که این بخش‌ها از خاک آذربایجان را اشغال کرده‌اند آنجا را ترک کنند و به مرزهای بین‌المللی برگردند”.
مشاور خامنه ای گفته: “همه ما که عضو سازمان ملل هستیم باید به این اصول گردن بنهیم. پس ما می‌خواهیم که ارمنستان این بخش‌های اشغال شده را به جمهوری آذربایجان بازگرداند”.
اظهارات آقای ولایتی کمتر از یک هفته پس از بیانیه کم سابقه چهار نماینده ولی فقیه در استان های آذربایجان شرقی، اردبیل، آذربایجان غربی و زنجان است که طی آن مناطق اشغال شده قره باغ را متعلق به “کشور اهل بیت” یعنی جمهوری آذربایجان خوانده و تلاش برای بازپس گیری آن را “کاملا قانونی و شرعی” توصیف کرده بودند.
از زمان شروع درگیری های بین ارمنستان و جمهوری آذربایجان، ایران در برخی محافل متهم بوده است که از ارمنستان حمایت می‌کرده است. وزارت خارجه ایران جانبداری از یکی طرفداری درگیری و انتقال تجهیزات نظامی روسی به ارمنستان را تکذیب کرده است.
